لم تقتصر الجامعة النجفية على كتاب محدود يدرسه الطالب في علم من العلوم، فللطالب أن يتوسع ويقرأ ويدرس أي كتاب شاء، ويرغب فيه، ويستطيع أن يتفهمه وينسجم معه. ولكن هناك كتباً مشهورة في نطاق الحوزة العلمية تداول عليها المشتغلون والمحصلون، فأصبحت بحكم التداول والاستمرارية هي المعروفة دون غيرها، ولشهرتها نذكرها:
في النحو:
1 ـ كتاب (قطر الندى، وبل الصدى) لمؤلفه عبدالله بن يوسف بن أحمد بن هشام المتوفى سنة 761 هـ، من أئمة العربية، طبع عدة مرات.
وهذا الكتاب يدرسه الطالب في المرحلة الاُولى من تعليمه، وهو يلمّ بجميع أبواب النحو بصورة مختصرة.
2 ـ كتاب (ألفية ابن مالك) ارجوزة في النحو في ألف بيت ناظمها محمّد بن عبدالله بن مالك الطائي المتوفى 672 هـ، أحد أئمة النحو طبعت، ولقد شرحها جمع من أئمة النحو كابن هشام، والاشموني، وابن عقيل، وابن الناظم بدر الدين محمّد المتوفى سنة 686 هـ، ويتميز شرحه بغزارة المادة، وتعقيد العبارة، واختارته الجامعة النجفية لثروته العلمية لأنه يوسع ذهن الطالب.
3 ـ كتاب (مغني اللبيب) لمؤلفه ابن هشام ـ صاحب كتاب قطر الندى ـ المتقدم الذكر وهو كتاب واسع الجوانب يقع في مجلدين أشبه بالقاموس للمصطلحات النحوية، وهذا الكتاب يدرسه الطالب في المرحلة الأخيرة لدراسته النحوية بغية التوسع.
1 ـ (المختصر) لمؤلفه مسعود بن عمر بن عبدالله التفتازاني المتوفى سنة 791 هـ من أئمة العربية، والبيان، والمنطق، اختصر بهذا الكتاب تلخيص المفتاح.
وأغلب الطلاب يكتفون بهذا الكتاب عن (المطول) لانه أخصر. طبع عدة طبعات.
2 ـ (جواهر البلاغة) لمؤلفه السيد أحمد بن إبراهيم الهاشمي من رجال القرن الرابع عشر الهجري، وضع هذا الكتاب بصورة مبسطة ليسهل تناوله على الطلاب. وقد بحث في البلاغة، والمعاني والبيان، والبديع.
في المنطق:
1 ـ كتاب (الحاشية في المنطق) لمؤلفها الملا عبدالله بن شهاب الدين حسين اليزدي، المتوفى سنة 981 هـ، من المختصين بعلم المنطق طبع في طهران.
2 ـ كتاب (المنطق) للشيخ محمّد رضا المظفر ـ عميد كلية الفقه في النجف الأشرف سابقاً ـ يقع في ثلاثة أجزاء; كتبه لطلاب الكلية وعند طبعه تداولته أيدي طلاب الجامعة باعتباره أسلس عبارة، وأكثر اختصاراً من الحاشية وقد طبع مرتين في النجف وبغداد.
1 ـ (مختصر النافع) لأبي القاسم نجم الدين جعفر بن الحسن الحلي المعروف بالمحقق الحلي، المتوفى سنة 676 هـ. طبع هذا الكتاب ثلاث طبعات واحدة منها في القاهرة قدمه أحمد حسن الباقوري وزير الأوقاف السابق للعربية المتحدة، يقع في مجلد واحد. يتميز بعبارة بسيطة من غير تعقيد لخص فيه كتاب "شرائع الإسلام في مسائل الحلال والحرام" الذي يعتبر متناً من متون الحية إلى الآن. وهو مرتب على أربعة أقسام: العبادات، والعقود، والايقاعات، والأحكام.
2 ـ كتاب (شرائع الإسلام في مسائل الحلال والحرام) لنفس المؤلف المتقدم الذكر، وهو يقع في مجلدين، فقه استدلالي طبع في ايران، وفي بيروت.
3 ـ كتاب (الروضة البهية في شرح اللمعة الدمشقية) لمؤلفه زين الدين
ابن نور الدين عليّ بن أحمد العاملي الجبعي المعروف بالشهيد الثاني المقتول سنة 965 هـ، يقع في مجلدين شرح المؤلف اللمعة الدمشقية للشهيد الأول محمّد بن الشيخ جمال الدين بن مكي النبطي العاملي الجزيني المقتول سنة 786 هـ. والكتاب من المصادرالفقهية الاستدلالية الرائعة.طبع عدة طبعات وآخرها في مصر.
4 ـ (المكاسب) للمجدد الشيخ مرتضى بن محمّدأمين التستري الأنصاري المتوفى سنة 1281 هـ، وهو كتاب فقه استدلالي جليل في نواحي المعاملات طبع الكتاب عدة طبعات في ايران وبغداد.
ومراتب هذه الكتب حسب التسلسل المذكور فالطالب يبدأ في المختصر وعند اتمامه ينتقل إلى الشرائع، ثم إلى اللمعة، ثم إلى المكاسب، وبذلك يكون قد أكمل دورة فقهية كاملة.
1 ـ كتاب (معالم الاُصول) الشيخ حسن بن زين الدين الشهيد الثاني المتوفى سنة 1011 هـ، حوى الكتاب أبواب الاُصول بصورة مختصرة، وقد طبع عدة طبعات في ايران، ويدرسه الطالب عندما يبدأ في علم الاذصول ويقع في مجلد واحد.
2 ـ كتاب (قوانين الاُصول) للميرزا أبي القاسم بن محمّد حسن الجيلاني القمي المتوفى سنة 1231 هـ، تناول فيه أبواب الاُصول بصورة تفصيلية ويقع في مجلد كبير طبع بايران. ويأتي بالمرتبة الثانية للطالب المبتدىء.
3 ـ كتاب (كفاية الاُصول) للمحقق الشيخ الملا محمّد كاظم الخراساني
الشهير بالاخوند المتوفى سنة 1329 هـ. يقع في ثلاثة أجزاء، ووصف كتابه بأنه صار كتاباً نهائياً لمدرسة الاُصول لما حوى من تحقيق وتدقيق فكري عال في علم الاُصول. طبع في ايران وبغداد عدة طبعات.
4 ـ كتاب (الرسائل) للشيخ مرتضى الانصاري المتوفى سنة 1281 هـ من أهم الكتب الاُصولية يقع في مجلد واحد عبر بحق عن الفكر العلمي الذي تمثل في هذه المرحلة من النضج الذهني، والعمق والسعة.
وهذان الكتابان (الكفاية والرسائل) بالمرتبة الأخيرة يتناولهما الطالب الديني فإذا أكملهما فقد أكمل دورة اُصولية عامة.
5 ـ (اُصول المظفر) لمؤلفه الشيخ محمّد رضا المظفر المتوفى سنة 1383 هـ يقع في ثلاثة أجزاء وهي محاضرات ألقاها مؤلفها على طلاب كلية الفقه في النجف الأشرف بصورة منظمة تناول فيها بحوث الاُصول باسلوب خال من التعقيد، وعندما صدر إلى عالم الظهور، أخذ طلاب الجامعة النجفية بدراسته للمميزات التي يتمتع به.
هذه هي أشهر الكتب المقررة للتدريس في الجامعة النجفية، وعندما نذكر هذه الكتب فليس معناه ان هذه المجموعة هي الأول والآخر، إنما هناك عدد من المؤلفات القيمة في جميع العلوم التي مرّ ذكرها، ولكنها أما ليست بالمستوى الفكري للجامعة، أو أنها غير متعارفه لعمق بحوثها وعدم تمكن الطالب من استيعابها.